La méthanisation n’est pas qu’une solution pour produire de l’énergie, c'est avant tout un outil d’économie circulaire puisqu’elle permet une double valorisation organique et énergétique. Elle est ainsi une solution pour traiter de nombreux types de déchets organiques, notamment en réduisant leur volume avant un éventuel stockage ou incinération si le déchet ne peut retourner au sol. 

Elle permet de plus un traitement pour les déchets organiques graisseux ou très humides qui sont non compostables en l’état. L’évacuation des déchets n’est alors plus une contrainte, bien qu’un contrôle de leur qualité soit parfois nécessaire. L'attention portée au déchet permet de valoriser les produits principaux. 

Au-delà des matières agricoles, la méthanisation valorise la matière organique issue de l’industrie agro-alimentaire, les biodéchets des collectivités, les boues de station d’épuration, etc. La diversification possible de l’approvisionnement du méthaniseur permet donc d’apporter des solutions de recyclage.  

Dans certains cas, le fait de mélanger des intrants d’origine différente permet d’augmenter la quantité de biogaz produit par l’installation de méthanisation. Cependant ces mélanges sont encadrés par la réglementation et les types de produits entrants dans le méthaniseur doivent être déclarés en préfecture.