La méthanisation, comme toute activité économique, est soumise à différentes réglementations et peut faire l'objet de normes nationales ou internationales.

En France, les unités de méthanisation relèvent des ICPE (installations classées pour la protection de l'environnement), ce qui impose des démarches particulières en préfecture avant la mise en service et durant l'exploitation. Les digestats sont par défaut soumis à des plans d'épandage, sauf pour certains digestats agricoles répondant à l'un des cahiers des charges Dig'Agri.

Des normes internationales sont actuellement à l'étude pour les unités de méthanisation (domestiques et non-domestiques). Des réglementations européennes peuvent aussi s'appliquer, notamment à travers les directives sur les énergies renouvelables (RED).