Les cultures intermédiaires sont des cultures semées entre deux cultures dites principales. Elles remplissent plusieurs rôles agronomiques et font l'objet de différentes dénominations qui dépendent de l'usage attendu : CIPAN ("cultures intermédiaires piège à nitrate"), couverts végétaux, cultures dérobées, CIMS ("cultures intermédiaires multiservices"). Il existe des intercultures à "vocation" alimentaire, fourragère, apicole, cynégétique, énergétique (CIVE) ou utilisables potentiellement comme matériaux. 

Leurs effets agronomiques de ces cultures intermédiaires sont nombreux :

• elles permettent de capter les reliquats d'azote restant dans le sol après la récolte de la culture principale, et de restituer cet azote à la culture suivante. Elles jouent dans ce cas le rôle "d'engrais vert". On les désigne par CIPAN lorsqu'il s'agit de leur fonction principale ;
• elles évitent de laisser le sol nu entre deux cultures et protègent donc celui-ci contre l'érosion. La couverture hivernale des sols est obligatoire en France depuis 2012 dans toutes les zones dites "vulnérables", c'est-à-dire où les eaux sont susceptibles de pollution azotée, ce qui représente environ la moitié de la surface agricole utile.
• en occupant le terrain, elles laissent  moins de place aux mauvaises herbes;
• elles stockent du carbone dans le sol grâce à leur système racinaire ;
• elles alimentent la vie du sol et contribuent à la biodiversité grâce à la production supplémentaire de biomasse.
• elles produisent de la biomasse qui peut être utilisée comme fourrage ou pour des usages énergétiques ( CIVE)

Utilisations possibles des cultures intermédiaires

Les cultures intermédiaires sont ordinairement détruites avant le semis de la culture principale suivante, et laissées au champ. Elles jouent dans ce cas une fonction d'engrais vert.

Les cultures intermédiaires ne peuvent pas être récoltées pour des usages qui seraient en concurrence avec l'alimentation humaine. Sous les latitudes tempérées, les cultures intermédiaires ne parviennent jamais au stade de maturité et ne sont pas capables de produire des graines riches en amidon, protides et lipides, même lorsqu'il s'agit de céréales ou d'oléoprotéagineux. Une céréale semée comme culture intermédiaire sera récoltée en vert à un stade immature.

En revanche elles ont une valeur fourragère car elles sont digestibles par les ruminants. En région d'élevage bovin ou ovin, les cultures intermédiaires peuvent constituer une source de fourrage supplémentaire. Elles rentrent alors dans les stratégies d'approvisionnement fourrager des éleveurs, au même titre que le foin ou l'ensilage d'herbe ou de cultures fourragères.

Plus généralement, les cultures intermédiaires peuvent faire l'objet des mêmes usages que l'herbe.

Conduite agronomique des cultures intermédiaires

Comme les cultures principales, les cultures intermédiaires peuvent faire l'objet de fertilisation, de traitement ou d'irrigation. Plusieurs stratégies agronomiques sont possibles :

• une logique d'intervention minimale, sans fertilisation ni traitement ;
• une logique où la culture intermédiaire est considérée comme une production à part entière et fait l'objet d'interventions similaires à celles de la culture principale : fertilisation, traitement, voire irrigation.

Dans le premier cas, la production de biomasse est plus aléatoire, et si la culture intermédiaire ne lève pas ou produit trop peu de biomasse, elle est susceptible de ne pas pouvoir remplir ses fonctions agronomiques. Dans ce cas, on vise principalement la fonction de CIPAN, sans objectif de récolte de la biomasse.

Dans le second cas, la production de biomasse est plus importante et moins sensible aux aléas météorologiques, mais nécessite plus d'intrants et d'interventions. On vise dans ce cas en général un objectif de production de biomasse, et le niveau d'intervention est généralement fonction du niveau de rendement attendu. La plupart des exploitants de méthanisation qui ont recours aux CIVE préfèrent cette stratégie.