L'activité agricole est la source d'émission de plusieurs gaz à effet de serre (dioxyde de carbone, méthane, protoxyde d'azote ...), soit par émissions directes dans le champs, soit indirectement à travers la consommation d'engrais ou d'énergie. La méthanisation permet de diminuer plusieurs des sources d'émissions sans modifier les modes de fonctionnement agricoles. Les émissions propres au procédé de méthanisation sont faibles comparées aux réductions observées des émissions agricoles directes et indirectes.

L'impact sur les sols des digestats de méthanisation est très lié à la qualité des intrants. Avec des intrants agricoles bien maîtrisés, un processus d'épandage contrôlé permet d'apporter au sol un amendement de qualité sans les inconvénients liés à l'épandage de lisier brut par exemple.

En proposant une solution très locale au traitement des déchets biodégradables, la méthanisation s’inscrit dans une logique d’économie circulaire.